Awal tahun ajaran 2017/2018 SMA YPHB Kota Bogor mendapatkan kepercayaan sebagai salah satu SMA Rujukan di Kota Bogor. SMA Rujukan merupakan sekolah yang telah berhasil memenuhi delapan SNP (Standar Nasional Pendidikan) dan menjadi favorit masyarakat setempat karena memilki prestasi akademik/nonakademik, program-program inovatif dan praktik-praktik baik sehingga layak dijadikan contoh. SMA Rujukan merupakan program peningkatan mutu pendidikan berbasis wilayah (provinsi dan kabupaten/kota) yang diintegrasikan
dengan program pembinaan lainnya dari Direktorat Pembinaan SMA, Dinas Pendidikan Provinsi, Dinas Pendidikan Kabupaten/Kota, dan Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan (LPMP). Selain SMA YPHB, terdapat dua sekolah negeri yang juga mendapat kepercayaan sebagai sekolah rujukan di Kota Bogor, yakni SMA Negeri 1 Kota Bogor dan SMA Negeri 3 Kota Bogor.
Penyelenggaraan program SMA Rujukan dimaksudkan sebagai salah satu upaya pembinaan sekolah oleh pemerintah secara langsung untuk percepatan dan perluasan peningkatan mutu pendidikan. Selanjutnya sekolah tersebut diharapkan dapat menjadi rujukan bagi sekolah lain di sekitarnya dengan tujuan antara lain:
- meningkatnya daya inisiatif sekolah untuk memenuhi dan melampaui Standar Nasional Pendidikan;
- optimalnya potensi sumber daya sekolah dan masyarakat untuk meningkatkan mutu pendidikan;
- berkembangnya praktik-praktik terbaik (best practices) penyelenggaraan pendidikan yang dapat dirujuk sekolah lain;
- terbangunnya sinergi pembinaan sekolah bermutu dengan pemerintah daerah;
- terwujudnya perluasan dan percepatan ketersediaan pelayanan pendidikan yang bermutu tinggi;
- terjalinnya kemitraan dengan berbagai pihak dalam mengembangkan sekolah.
Mengawali kegiatan sebagai sekolah rujukan, SMA YPHB melakukan Sosialisasi Sekolah Rujukan. Sosialisasi dilaksanakan di SMA YPHB dan diikuti oleh para guru SMA YPHB serta mengundang lima sekolah swasta di Kota Bogor sebagai sekolah imbas, yakni SMA Bina Insani, SMA Kesatuan, SMA Bina Bangsa Sejahtera, SMA Pesat, dan SMA Rimba Madya Kota Bogor. Kegiatan Sosalisasi ini juga dihadiri oleh perwakilan dari Balai Pelayanan dan Pengawasan Pendidikan Wilayah Kota Bogor.
